Édouard Manet naît le 23 janvier 1832 au 5 rue des Petits-Augustins, dans le quartier Saint-Germain-des-Prés dans une famille de la bourgeoisie parisienne. Son père, Auguste (31 août 1796-25 septembre 1862), était un haut fonctionnaire au ministère de la Justice. Selon les biographes, il occupait le poste de chef de cabinet du garde des Sceaux ou de secrétaire général du ministère de la Justice. La mère d'Édouard, Eugénie Désirée Manet (née Fournier) (11 février 1811-8 janvier 1885), était la fille d’un diplomate affecté à Stockholm et la filleule du maréchal Bernadotte.
Bien qu’élevé dans une famille austère, le jeune Édouard découvre rapidement le monde artistique grâce à l’influence d’un oncle monarchiste assez excentrique (contrairement à son père, fervent républicain), le capitaine Édouard Fournier. Celui-ci fait apprécier les grands maîtres à ses neveux Édouard et Eugène, son frère, dans les galeries du musée du Louvre, les faisant notamment visiter la Galerie espagnole.
On sait très peu de chose sur la petite enfance de Manet qui est expédiée en quelques pages, en référence à sa famille, sinon qu'elle s'est passée dans un milieu aisé.
Manet obtient des résultats convenables au collège Rollin, où il rencontre son très bon ami Antonin Proust. Ils vont souvent au Louvre sous la conduite du capitaine Édouard Fournier (l'oncle de Manet) qui encourage le talent de son neveu. Manet quitte le collège Rollin à 16 ans et demande à entrer dans la marine, mais il échoue au concours du Borda. Il décide alors de se placer comme pilotin sur un bateau-école à destination de Rio de Janeiro.
Pendant le voyage de 9 mois, il a fait des portraits et des dessins de tout l'équipage, des caricatures aussi, de ses camarades comme des officiers. Il contracte la syphilis à Rio. À son retour au Havre, il échoue une deuxième fois au concours d'entrée à l'École navale ; sa famille consent à ce qu'il poursuive une carrière artistique.
Ses voyages en bateau lui inspireront par la suite des paysages marins avec scènes de port (Clair de lune sur le port de Boulogne, 1869, Le Départ du vapeur de Folkestone, 1869 ) ou sujets historiques comme Le Combat du Kearsarge et de l'Alabama (1865) ou L'Évasion de Rochefort (1881).
Après son deuxième échec au concours d'officier de marine, Manet refuse de s'inscrire aux Beaux-Arts. Il entre avec Antonin Proust dans l’atelier du peintre Thomas Couture, en 1850, où il reste environ six années. Il s'inscrit comme élève de Couture sur le registre des copistes du Louvre. Il perd bien vite confiance en son maître, prenant le contre-pied de ses enseignements.
Thomas Couture est l’une des figures emblématiques de l’art académique de la seconde moitié du xixe siècle, avec un attrait marqué pour le monde antique qui lui vaut un immense succès avec son chef-d'œuvre Les Romains de la décadence au salon de 1847. Élève de Gros et de Delaroche, Couture est alors au sommet de sa gloire ; c'est Manet lui-même qui insiste auprès de ses parents pour s'inscrire dans l'atelier du maître.
L’indépendance d’esprit de Manet et son obstination à choisir des sujets simples déroute Couture qui pourtant, demande son opinion à son élève sur l'un de ses propres tableaux : Portrait de Mlle Poinsot. Manet s'inspire des portraits de Couture : tableaux aux visages éclairés, peinture énergique dans laquelle pointent déjà des éléments de la vie moderne (costume noir, accessoires de la mode). Manet vient de terminer en 1859 Le Buveur d'absinthe que Couture ne comprend pas ; les deux hommes se brouillent. Dès ses premiers jours à l'atelier, Manet disait déjà : « Je ne sais pas pourquoi je suis ici; quand j'arrive à l'atelier, il me semble que j'entre dans une tombe ». En réalité, Manet supportait mal l'enseignement de Couture. Antonin Proust, qui fut son camarade d'atelier, rapporte dans ses souvenirs : « Manet avait invariablement le lundi, jour où on donnait la pose pour toute la semaine, des démêlés avec les modèles du professeur [...] qui prenaient des attitudes outrées.-Vous ne pouvez donc pas être naturels s'écriait Manet ». Manet quitte l’atelier Couture en 1856 pour emménager dans son propre local, rue Lavoisier, avec son ami, Albert de Balleroy.
Manet n'a pas choisi l'atelier de Couture par hasard. En 1850, il se donnait les moyens d'entrer dans la carrière par la grande porte. Couture était alors une personnalité importante, prisé par les amateurs, soutenu par les pouvoirs publics, il avait atteint des prix très élevés dès la fin 1840. La « leçon de Couture » est bien plus importante que l'on a voulu l'admettre. Le long apprentissage de six ans a été de grande portée. « Le peintre de mœurs et le peintre politique au réalisme contrôlé, l'ont autant retenu que le goût de Couture pour les figures de la commedia dell'arte et le pittoresque bohémien. » Stéphane Guégan note que le premier grand succès de Couture au Salon de 1844 L'Amour de l'or (musée des Augustins, Toulouse) est fondé sur la partie gauche du Jugement de Pâris par Marcantonio Raimondi, tandis que Le déjeuner sur l'herbe de Manet, s'approprie le côté droit de la même œuvre de Raimondi. Et à l'évidence, Couture fut l'une des voies qui menait au Vieux Musicien.